Для исследователей и многочисленных ученых, занимающихся саамами, наибольшую неразгаданную загадку представляет происхождение этого народа, ведь прибалтийско-финские и саамский языки корнями уходят к общей основе. Однако с антропологической точки зрения саамы относятся к другому виду (лапоноидная группа, уральский тип), то есть к не тому, к которому относятся прибалтийско-финские народы. Последние говорят на языках в наиболее близком родстве, но это все-таки балтийский тип. Чтобы разрешить данные противоречия, специалисты долго и упорно спорят. В период с XIX столетия ими было выдвинуто множество гипотез.Вероятнее всего, саамский народ происходит от пришедшего на территорию Скандинавии в ранненеолитический период финно-угорского населения (по своим корням) археологической культуры Комса, которая проникала в Восточную Карелию, Прибалтику и Финляндию начиная примерно с IV тысячелетия. Это случилось уже после ухода ледяного покрова по окончанию последнего ледникового периода. Приблизительно в 1500-1000-х годах до н. э. произошло отделение протосаамов от одной общности носителей языковой основы, в то время, когда предки прибалтийских финнов, причем под балтийским, а немного позднее под германским влиянием начали переходить к так скажем оседлому образу жизни скотоводов и земледельцев. А вот предки саамов на землях Финляндии и Карелии ассимилировали автохтонный народ Фенноскандии. Саамы, по всей вероятности, сформировались методом слияния определенных этнических групп. На данный факт указывают генетические и антропологические различия между этническими группам саамов, живущих на разных землях.
Генетические исследования, проводимые последние года, показали, что у современных саамов имеются какие-то общие черты с потомками древнего народа Атлантического побережья того самого ледникового периода, а именно с современными басками и берберами. У более южных групп северной части Европы подобных генетических признаков обнаружено не было.
В последующие тысячелетия саамский язык близко контактировал с финскими, прибалтийскими языками, а особенно с финским, потом со скандинавскими и с русским. История саамов представляет собой медленное отступление со своих территорий под натиском других народов с одной стороны. Более того, они сами так и создали своего собственного самостоятельного государства.